根据省卫生监督所省直医疗机构第二季度综合督导统一安排，结合省卫计委《2014年度卫生计生监督重点检查计划的通知》要求，传染病卫生监督科于2014年7月7日-23日对11家省级直管公立医疗机构和12家民营医疗机构传染病防治情况进行了监督检查。检查内容主要包括组织管理、传染病疫情报告、医院感染控制、免疫预防、消毒管理、医疗废物处置等方面。同时，对一季度检查后整改情况进行了跟踪问效。
检查中发现，23家医疗机构均较重视传染病防治工作，能较好地落实传染病防治、疫情报告、消毒管理等相关制度。但也存在一些不容忽视的问题，包括个别医疗机构传染病防治制度未全面落实，二级以上综合医院未设立感染性疾病科，传染病登记不全，未建立传染病上报制度；部分民营医疗机构医院消毒与灭菌效果监测不彻底，特别是室内空气、医务人员手、物体表面、使用中消毒剂和压力蒸汽灭菌器的生物检测未开展或部分未开展；5家医疗机构医疗废物暂存不规范，如甘肃省人民医院存在医疗废物暂存点与生活垃圾存放处相邻，西北民族大学口腔医院未使用医疗废物专用塑料袋，甘肃利民医院感染性医疗废物与损伤性医疗废物未分类收集，兰州大学口腔医院将一次性口腔器械使用后直接放置在垃圾桶内的现象，甘肃华富医疗康复疗养院检验科使用后血标本未高压处理；2家医疗机构消毒隔离制度未落实，分别为兰州大学第一医院东岗院区胃镜室操作区与清洗消毒区未分开，甘肃华富医疗康复疗养院在诊疗区域内开展清洗消毒工作。针对存在上述问题的10家医疗机构监督员现场下达了监督意见书，责令其立即整改；对2家有严重违规行为的医疗机构还进行了当场行政处罚。
检查中还发现，甘肃省第三人民口腔科对第一季度监督检查中出现的问题都能及时整改，甘肃省人民医院对整改工作重视不够，存在的问题仍未得到有效整改，对未进行整改的医疗机构监督员现场提出立即整改意见并下达了监督意见书。